L'École des hautes études en sciences sociales est un établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel. Le décret du 12 avril 1985 modifié lui a conféré le statut de grand établissement. L'École est dirigée par un président entouré de quatre enseignants-chercheurs qui constituent le Bureau. Plusieurs instances statutaires concourent à l'exécution de ses missions :

L'assemblée des enseignants

L'assemblée des enseignants regroupe les directeurs d'études et les maîtres de conférences. Elle procède, par élection, au recrutement des enseignants-chercheurs de l'École. Elle élit le président pour un mandat de cinq ans renouvelable une fois et valide la composition du Bureau proposée par le président. Elle contribue à la définition des orientations scientifiques de l'établissement.

Le conseil d'administration

Le conseil d'administration est composé de 40 membres. Il définit les règles générales du fonctionnement de l'École. Il délibère du contrat d'établissement, approuve les programmes scientifiques, vote le budget et le compte financier. Il désigne les commissions spécialisées : budget, personnels, études.

Le conseil scientifique

Le conseil scientifique est composé de 27 membres. Il propose et évalue les programmes de recherche et délibère des questions scientifiques qui lui sont soumises. Le conseil scientifique adopte le budget de la recherche. Par ailleurs, il exerce, en désignant la commission de la scolarité, ses responsabilités en matière d'enseignement et décide notamment des habilitations à diriger des recherches.

Le conseil de l'école doctorale

Le conseil de l'école doctorale a été établi conformément à l'arrêté du 7 août 2006.

La commission de la scolarité

La commission de la scolarité, créé en application de l'article 5 des statuts, et plus avant décrite au chapitre III du règlement intérieur de l'EHESS, est compétente, à titre consultatif, sur toute question relevant de la décision du président de l'EHESS aux termes de la réglementation en vigueur sur les diplômes de l'École, les masters et les doctorats de l'établissement.
Elle délibère en outre sur toute question dont elle est saisie par le président de l'École, l'assemblée des enseignants ou le conseil scientifique, auxquels elle transmet ses propositions.

Le comité technique paritaire (CTP)

Composé de représentants élus par l'ensemble des personnels en fonction dans l'établissement et en nombre égal de personnes désignées par le président, le CTP est chargé notamment de connaître des questions et projets de texte relatifs aux problèmes généraux d'organisation et aux conditions générales de fonctionnement de l'établissement, ainsi qu'aux programmes de modernisation des méthodes et techniques de travail et à leur incidence sur la situation du personnel.

Le comité de veille éthique et déontologique

Conformément à l’Article 34 du Règlement intérieur de l’EHESS, le comité de veille éthique et déontologique a vocation à remplir deux missions :

• éclairer la présidence de l’École, à sa demande, pour toute question d’ordre éthique et déontologique qui concernerait l’établissement ;
• émettre un avis d’ordre éthique et déontologique, chaque fois qu’une demande aura été formulée auprès de la présidence de l’EHESS, notamment dans le cadre des procédures de soumission de projets à des appels d’offres nationaux et internationaux.

La commission des usagers des technologies de l’information et de la communication électronique (CUTICE)

La CUTICE est compétente, à titre consultatif, sur toutes les questions relatives aux ressources informatiques et à leurs usages.

Elle a pour mission de faire la synthèse des besoins et des attentes de la communauté de l'EHESS (enseignants-chercheurs, chercheurs, ingénieurs, techniciens, administratifs et étudiants). Elle émet des avis pour conseiller le président et les instances de l'EHESS. Son président présente un rapport annuel devant le conseil scientifique de l'EHESS ; le rapport est transmis au conseil d'administration et à l'assemblée des enseignants.