Directeur d’études depuis 1987, François Hartog a d’abord enseigné l’histoire grecque comme assistant, maître-assistant, et professeur aux Universités de Strasbourg puis de Metz. À l’École, il avait proposé comme intitulé de son enseignement : « Historiographie ancienne et moderne ». Il a été élu aux conseil d’administration ainsi qu’au conseil scientifique de l’École et, de 2000 à 2004, il a été membre du Bureau, Jacques Revel étant président. Il a été directeur du Centre Louis-Gernet de recherches comparées sur les sociétés anciennes (aujourd’hui centre ANIHMA), fondé par Jean-Pierre Vernant, puis longtemps dirigé par Pierre Vidal-Naquet.

Combinant les approches de l’anthropologie et les instruments de l’histoire intellectuelle, sa réflexion sur l’histoire est faite d’allers et retours entre le passé antique et le monde contemporain, entre les expériences anciennes et modernes du temps.

Parmi ses livres : Le miroir d’Hérodote, Essai sur la représentation de l’autre, édition revue et augmentée, « Folio », Gallimard, 2001 ; Le XIX^esiècle et l’histoire: le cas Fustel de Coulanges, nouvelle édition, « Points », Seuil, 2001 ; Mémoire d’Ulysse, Récits sur la frontière en Grèce ancienne, Gallimard, 1996 ; Plutarque, Vies parallèles, édition sous la direction de F. Hartog, Gallimard Quarto, 2001 ; Evidence de l’histoire, Ce que voient les historiens, Editions de L’EHESS, 2005, repris « Folio », Gallimard, 2007 ; Anciens, modernes, sauvages, « Points », Seuil, 2008 ; Vidal-Naquet, historien en personne, l’homme- mémoire et le moment- mémoire, La Découverte, 2007 ; Régimes d’historicité, présentisme et expériences du temps, édition augmentée, «Points », Seuil, 2012.