Le dispositif de recherche en sciences sociales et humaines met en jeu des acteurs différents dont l'activité est structurée par des collaborations durables. Ces partenariats sont effectifs à deux niveaux :

• celui des institutions, sur la base de conventions définissant des axes scientifiques communs et des modalités pratiques de coopération,
• celui des équipes, par structuration en unités mixtes de recherche. Les unités mixtes formalisent le rapprochement intellectuel de plusieurs chercheurs et la mise en commun de moyens humains et matériels.

Ainsi l'EHESS entretient des liens étroits avec un grand nombre d'universités françaises ainsi qu'avec les institutions de recherche opérant dans ses champs disciplinaires :

• CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique)
• MSH (Maison des Sciences de l'Homme)
• ENS (Écoles Normales Supérieures)
• MNHN (Muséum National d'Histoire Naturelle)
• INSEE (Institut National de la Statistique et des Etudes Economiques)
• INSERM (Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale)
• INED (Institut National d'Etudes Démographiques
• IRD (Institut de Recherche pour le Développement)
• INRA (Institut National de la Recherche Agronomique)
• CNAM (Conservatoire National des Arts et Métiers)
• BnF (Bibliothèque nationale de France)