L’enseignement à l’EHESS est une formation à la recherche par la recherche elle-même. Grâce au dense réseau des séminaires, les étudiants entrent en contact direct avec les méthodes et le métier de la recherche en travaillant aux côtés de chercheurs qui exposent leurs travaux en construction. Cette union de l’enseignement et de la recherche est la raison d’être de l’établissement.

Les séminaires sont individuels ou collectifs et sont ouverts, avec l’accord des enseignants, aux étudiants inscrits ainsi qu’à de nombreux auditeurs libres. À ceux qui sont donnés par les enseignants-chercheurs de l’École, par les professeurs invités et par les chargés de conférences complémentaires, se joignent ceux qui sont organisés par les centres de recherche. De nombreux chercheurs et enseignants-chercheurs relevant d’établissements associés à l’EHESS dans le cadre des laboratoires, tels que le CNRS, l’IRD, l’INSERM, les Universités, etc., participent ainsi aux activités de l’École.

Par ailleurs, de nombreux colloques, journées d’étude, ateliers et formations, ouverts aux étudiants, intensifient les échanges scientifiques pluridisciplinaires caractéristiques de la vie de l’École.

Les activités d’enseignement de l’École sont supervisées par la Commission de la scolarité. L’administration et la communication relèvent de la Direction des enseignements et de la vie étudiante (DEVE), qui inclut le Service de la scolarité, le Service des enseignements, la Coordination des formations de master et de doctorat (ainsi que les secrétariats de ces formations), le bureau d’accueil des étudiants handicapés et le Service de l'information et de la mobilité internationale étudiante.