Dans les développements de l’écologie scientifique et des éthiques de l’environnement un des noyaux épistémologiques fondamentaux est représenté par la confrontation multidimensionnelle entre holisme et réductionnisme.

Dans les études d’écologie évolutive concernant les populations et les communautés animales et végétales l’affrontement entre l’individualisme et le holisme méthodologique s’est structuré autour du problème de la valeur de réalité, ainsi que de l’opérationnalité de différentes unités de sélection telles que : le gène (selfish gene), l’individu (individual selection et kin selection), la population (group selection), l’espèce (species selection), entre autres.

De nos jours, l’importance prise par la notion de biodiversité ne peut être comprise qu’en situant ce phénomène dans une perspective historique. Les relations entre la conservation de la nature et les sciences naturelles, en particulier l’écologie, sont en effet anciennes et complexes. Le fait que la biodiversité soit devenue un enjeu de société, du niveau global au niveau local, soulève à la fois des questions scientifiques et des questions éthiques. La prise de conscience des limites écologiques de la planète, et de l’avancé processus de dégradation de la biodiversité n’a pas, pour autant, donné lieu à des développements éthiques univoques. Ainsi, des positions anthropocentriques, soulignant les différents types de valeurs que la nature peut représenter pour l’homme, côtoient des modèles éthiques biocentriques, en relation avec la sauvegarde de certaines espèces particulières, ou des modèles écocentriques, soulignant la valeur intrinsèque des entités naturelles. Les influences réciproques entre sciences naturelles et éthiques sont à comprendre dans leur diversité pour mieux saisir les contextes dans lesquels les humains ont à élaborer leurs projets et à prendre leurs responsabilités vis-à-vis du devenir de la biodiversité.