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| Titre |
Pavel A. Pevzner, "Bio-informatique moléculaire : une approche algorithmique", Traduction de Delphine Hachez, Springer, Coll. Iris, 2006. |
| Auteur |
GUENOCHE Alain |
| Mots-clefs |
Aucun |
| Thèmes |
Analyse bibliographique, Algorithmes - Algorithmique, Biologie, Informatique, Modélisation |
| Résumé |
Analyse bibliographique |
| Numéro |
179, Automne 2007 |
| Langue |
Français | Lire l'article
| Titre |
Organisation de données probabilistes par des treillis de Galois |
| Auteur |
BRITO Paula, POLAILLON Géraldine |
| Mots-clefs |
Classification conceptuelle, Données probabilistes, Treillis de Galois |
| Thèmes |
Algorithmes - Algorithmique, Données (Analyse des), Ordres et préordres, Probabilités, Treillis |
| Résumé |
Dans cet article, nous nous intéressons à l'organisation de données probabilistes par des treillis de Galois. Deux correspondances de Galois sont établies, en définissant de façon appropriée les opérateurs de généralisation et d'extension. Ces correspondances permettent de construire deux treillis, appelés treillis de l'union et treillis de l'intersection, corres-pondant à ces deux correspondances de Galois. Un nouvel algorithme de construction de treillis est proposé. Deux exemples sur des données réelles illustrent l'approche présentée. |
| Numéro |
169, Printemps 2005 |
| Langue |
Anglais | Lire l'article
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| Titre |
Graphes d'arches |
| Auteur |
LECLERC Bruno |
| Mots-clefs |
2-arbre, Algorithme, Arbre, Codage d'arbre, Cycle, Distance, Graphe |
| Thèmes |
Algorithmes - Algorithmique, Arbres, Distances, Graphes |
| Résumé |
Un graphe d'arches s'obtient à partir d'une simple arête par ajouts successifs de 3-chaînes, greffées sur leurs extrémités. De façon équivalente, c'est un graphe sans sous-graphe dont tous les sommets sont de degré au moins trois et maximal avec cette propriété à nombre de sommets fixé. Il est connu qu'une distance d'arbre est résumable par 2n-3 de ses entrées, bien choisies. Les graphes d'arches à n sommets correspondent à de tels ensembles d'entrées. Ils contiennent la sous-classe bien étudiée des 2-arbres . Nous étudions ces graphes, et les graphes de k-arches et k-arbres qui les généralisent naturellement. Nous rappelons comment on passe d'un graphe d'arches valué à une fonction ou une distance d'arbre et nous examinons les propriétés de cette correspondance. |
| Numéro |
157, Printemps 2002 |
| Langue |
Français | Lire l'article
| Titre |
Maximisation de l'association par regroupement de lignes ou de colonnes d'un tableau croisé |
| Auteur |
RITSCHARD Gilbert, ZIGHED Djamel, NICOLOYANNIS Nicolas |
| Mots-clefs |
Agrégation, Association, Discrétisation, Table de contingence |
| Thèmes |
Algorithmes - Algorithmique, Données (Analyse des), Statistique |
| Résumé |
L'intensité de l'association entre la variable ligne et la variable colonne d'un tableau croisé varie avec le regroupement de catégories. Dans plusieurs contextes, comme la discrétisation simultanée de deux variables, il importe de déterminer le niveau de regroupement qui maximise l'association. Les principales mesures d'association suite à une agrégation de lignes ou de colonnes sont étudiées et une heuristique permet de déterminer le regroupement qui (quasi-)maximise le degré d'association. Des simulations comparant les quasi-optima aux vrais optima servent à évaluer la fiabilité de l'algorithme proposé. |
| Numéro |
154, Été 2001, n° spécial Analyse statistique implicative |
| Langue |
Français | Lire l'article
| Titre |
Recherche de concepts à partir de données arborescentes et imprécises |
| Auteur |
GIRARD Régis, RALAMBONDRAINY Henri |
| Mots-clefs |
Concepts, Données arborescentes, Nuances, Treillis de Galois |
| Thèmes |
Algorithmes - Algorithmique, Arbres, Classification - Partition, Ordres et préordres, Treillis |
| Résumé |
Dans cet article, nous proposons un formalisme de représentation de données structurées et imprécises, les Arborescences Symboliques Nuancées (ASN), qui est fondé sur la notion d'attribut-valeur. Les ASN nous permettent de représenter des entités composées de parties et sous-parties dont les caractéristiques peuvent être imprécises, inconnues ou bien inapplicables et prenant en compte les liens pouvant exister entre les valeurs des différentes caractéristiques.
Nous nous intéressons à la recherche de concepts à partir d'un ensemble d'entités décrites par les ASN. La définition des concepts repose sur une extension des treillis de Galois au cas de données arborescentes et nuancées. Pour rechercher les concepts, nous présentons un algorithme incrémental permettant de calculer un treillis extrait du treillis de Galois en élagant les concepts trop généraux. |
| Numéro |
147, Automne 1999, n° spécial Classification |
| Langue |
Français | Lire l'article
| Titre |
Segmentation de la sériation pour la résolution de #SAT |
| Auteur |
LERMAN Israël-César, ROUAT Valérie |
| Mots-clefs |
Classification, Dénombrement de solutions, Problèmes #P-complets, Satisfiabilité, Sériation, Théorie de la complexité |
| Thèmes |
Algèbre, Algorithmes - Algorithmique, Classification - Partition, Logique |
| Résumé |
Le problème général traité est celui de l'évaluation approchée du nombre de solutions d'une formule booléenne F sous forme normale conjonctive. En appliquant le principe "diviser pour résoudre", la méthode présentée permet de réduire de façon considérable la complexité algorithmique du problème. Elle est basée sur la segmentation d'une sériation établie sur la table d'incidence associée à F. Nous montrons, dans des cas aléatoires difficiles de génération d'une formule F, l'intérêt de la sériation et de sa meilleure coupure en deux parties connexes et de tailles comparables. De plus, nous définissons la notion d'indépendance en probabilité pour F. On propose ici et on valide théoriquement et par une vaste expérimentation la méthode. |
| Numéro |
147, Automne 1999, n° spécial Classification |
| Langue |
Français | Lire l'article
| Titre |
Une méthode d'analyse canonique non linéaire et son application à des données biologiques |
| Auteur |
MAKARENKOV Vladimir, LEGENDRE Pierre |
| Mots-clefs |
Analyse de redondance, Régression linéaire multiple, Régression polynomiale |
| Thèmes |
Algorithmes - Algorithmique, Biologie, Classification - Partition, Données (Analyse des), Linéaire (Algèbre), Régression |
| Résumé |
Parmi les méthodes d'ordination proposées dans la littérature statistique, l'ACR (analyse canonique de redondance) est devenue l'une des méthodes les plus employées par les écologistes. En ACR, deux tableaux des données sont considérés. Le premier tableau (Y) contient les variables-réponse (e.g. les abondances des espèces étudiées) alors que le second (X) contient les variables explicatives (e.g. les variables environnementales). L'ACR classique impose des contraintes linéaires entre les variables X et Y, ce qui reflète rarement les processus naturels. Nous proposons une nouvelle méthode d'ordination, l'ACR polynomiale, qui permet de modéliser des relations linéaires ou non. Cette méthode est basée sur un algorithme empirique de régression qui permet de chercher la forme des relations polynomiales entre les variables en X et Y ainsi que de prendre en compte les interrelations entre variables explicatives. |
| Numéro |
147, Automne 1999, n° spécial Classification |
| Langue |
Français | Lire l'article
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