L’École offre 13 formations doctorales propres, qui constituent l’École doctorale de l’EHESS. Elle propose également l'inscription dans des écoles doctorales, en partenariat avec d’autres établissements, dont certaines sont situées à Marseille et à Toulouse. Une offre de formation pluridisciplinaires est proposée afin d'accompagner la formation des étudiants.

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