L’École offre 13 formations doctorales propres, qui constituent l’École doctorale de l’EHESS. Elle propose également des formations co-habilitées en partenariat avec d’autres établissements, dont certaines sont dispensées à Marseille et à Toulouse. Des cycles de formation pluridisciplinaires sont proposés afin d'accompagner la formation des étudiants. Cette offre est complétée par une offre de formations à vocation professionnelle proposée par PSL.