Les étudiants inscrits en doctorat à l'EHESS sont accueillis pour la durée de leurs études doctorales au sein d’une unité de recherche. Les unités de recherches de l’EHESS sont majoritairement rattachées à l’École doctorale (ED) de l’EHESS. Plusieurs autres écoles doctorales sont présentes à l’EHESS, dont certaines sont situées à Marseille et à Toulouse, en partenariat avec d’autres établissements d’enseignement supérieur. Une offre de formation pluridisciplinaires est proposée afin d'accompagner la formation des étudiants.

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