Le modèle de gouvernance de l’Ecole des hautes études en sciences sociales est original par le rôle dévolu à l’assemblée des enseignants-chercheurs. Composée de l’ensemble des directeurs d’études, directeurs d’études « cumulants » et maîtres de conférences de l’Ecole en activité, cette assemblée est souveraine en matière de recrutement des enseignants-chercheurs, elle élit le président de l’Ecole ainsi que les membres du Bureau et elle débat des grandes orientations stratégiques et scientifiques de l’Ecole.

Le conseil d’administration définit les règles générales de fonctionnement de l’établissement. Il approuve les conventions conclues par le président. Il délibère sur le contenu du contrat d’établissement. Il approuve le programme scientifique sur rapport du conseil scientifique, et après avis de l’assemblée des enseignants. Il vote le budget. Il examine et arrête le compte financier. Il fixe les conditions générales d’emploi pour les personnels vacataires et contractuels recrutés sur ressources propres de l’établissement. Il arrête le règlement intérieur de l’établissement.

Le conseil scientifique propose les programmes de recherche ; il arrête la répartition des crédits de recherche et la transmet au conseil d’administration pour le vote du budget. Il se prononce sur toute question pouvant avoir une incidence en matière de recherche. En matière d’enseignement, il se prononce notamment sur les transformations des formations délivrées par l'École. Il autorise la soutenance des habilitations à diriger les recherches.