Directeur d’études à l’École des Hautes Études en Sciences Sociales (EHESS/Paris) depuis 2008, Christophe Duhamelle pratique une histoire sociale des appartenances confessionnelles dans le Saint-Empire aux XVI et XVIIIe siècles. Il travaille sur les liens entre la construction politique et juridique particulière que forme l’Empire, les caractéristiques spatiales de ce corps politique, et les modalités sociales de la coexistence confessionnelle. Ses recherches actuelles portent sur la différence des calendriers protestant et catholique qui ont dix jours de décalage de 1583 à 1700, puis diffèrent par la fixation de la date de Pâques de 1700 à 1776 ; à cette occasion, il étudie également l’articulation entre science et division confessionnelle. Il a été directeur du Centre de Recherches Historiques (EHESS/CNRS) de 2010 à 2013.

Christophe Duhamelle est également depuis 2015 directeur du CIERA (Centre interdisciplinaire d'études et de recherches sur l'Allemagne), un Groupement d'intérêt public rassemblant douze institutions d'enseignement et de recherche, et dont l'EHESS est un des participants les plus importants.

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