Sociologue, Isabelle Ville anime le Programme Handicaps et Sociétés (PHS) de l'EHESS, un espace ouvert de rencontre entre disciplines, objets et chercheurs des sciences sociales autour des questions de handicaps. Elle est actuellement responsable de deux programmes de recherche :

• « Les enjeux du diagnostic prénatal dans la prévention des handicaps » (financement ANR 2009-2013 et de la Région Ile-de-France - PICRI, 2014-2017) ;
• « Le handicap comme question publique. Accessibilité, autonomie et droits: de la constitution des politiques à l'expérience des personnes » (financement de héSam Université dans le cadre du programme Synergie 2014-2017), dans lequel elle développe une axe sur « l'école inclusive ».

Isabelle Ville était co-responsable de l'axe du Cermes3 « Handicap, maladies chroniques et vieillissement : requalifications politiques et sociales » et de l'axe santé publique-SHS de l'IFR Handicap ; elle représente de l'Inserm au conseil scientifique de la CNSA ; elle est rédactrice adjointe de la revue Alter, European Journal of Disability Research (Éditions de l'EHESS), qu'elle a contribué à fonder en 2007 et vice-présidente de Alter, European Society for Disability Research, depuis sa création en 2012.