La recherche à l'EHESS est organisée en 40 unités et centres de recherche. La plupart de ces unités et centres sont interdisciplinaires, structurés autour d'une thématique (religieux, politique, sciences, arts...) ou d'une grande aire culturelle (mondes américains, mondes africains, mondes musulmans...).

Les chercheurs de l’École des hautes études en sciences sociales travaillent au sein de 40 unités et centres de recherche, dont 37 unités communes avec le CNRS et d’autres établissements, dans des domaines aussi variés que l’histoire, la sociologie, l’anthropologie, l’économie, la géographie, l’archéologie, la philosophie, les sciences cognitives ou la linguistique.

La très grande majorité des unités de recherche rassemble des chercheurs de plusieurs disciplines. Ceci caratérise notamment les untiés dites « d’aires culturelles » spécialisées sur les grands ensembles culturels d’Asie, d’Amérique, d’Afrique ou d’Europe. L’activité de recherche de l’EHESS s’exerce ainsi dans un environnement unique en France créé par des unités de recherches dédiées aux grandes aires culturelles (Asie du Sud, Océanie, mondes russes et caucasiens, mondes américains, mondes africains, mondes musulmans …), qui coopèrent avec des centres disciplinaires (économie, sciences cognitives...) ou thématiques (religieux, politique, science, arts et langages...) pour aborder, par des angles multiples et constamment renouvelés, les complexités des mondes sociaux dans leur épaisseur historique.