La formation doctorale est une formation à et par la recherche et une expérience professionnelle de recherche. Elle conduit à la production de connaissances nouvelles. Elle comprend un travail personnel de recherche réalisé par le doctorant. Elle porte sur des travaux d'intérêt scientifique, économique, social, technologique ou culturel.

L’École des hautes études en sciences sociales fait de l’histoire l’une des cartes maîtresses de la recherche en sciences humaines et sociales. Discipline à part entière adossée au Centre de recherches historiques et à d’autres unités de recherche plus récentes, elle s’est aussi instillée dans les pratiques d’autres disciplines qui y ont recours, soit pour nourrir leur réflexion sur elles-mêmes, soit pour conférer une profondeur de champ à leurs enquêtes empiriques. A l'EHESS, le doctorat spécialité Histoire et civilisations est préparé dans l’Ecole doctorale 286, au sein d'une unité ou d'une équipe de recherche EHESS et/ou CNRS, et sous la responsabilité d'un directeur de thèse rattaché à cette ED, ou dans le cadre d'une codirection. L'EHESS propose de nombreux séminaires de recherche ouverts aux doctorants comme aux chercheurs extérieurs désireux de les suivre. Elle favorise en outre l'intégration du doctorant au sein de son centre de recherches auquel il est rattaché en fonction de ses travaux de recherche et du domaine de recherche de son directeur de thèse. La formation soutient l'organisation de séminaires de doctorants et encourage plus généralement au développement des activités " jeune recherche ".

Depuis 2017 (direction réélue en 2019), la formation doctorale Histoire est dirigée par deux historiens :

• Sylvie Steinberg (Directrice d'études CRH)
• Nicolas Barreyre (Maître de conférences CENA)

La formation doctorale est sanctionnée par la délivrance du diplôme national de doctorat. Le diplôme, délivré par un établissement public d'enseignement supérieur accrédité, confère à son titulaire le grade et le titre de docteur. Les compétences spécifiques acquises au cours de cette formation permettent d'exercer une activité professionnelle à l'issue du doctorat dans tous les domaines d'activités, dans le secteur public aussi bien que privé.